云南省中医药民族医药博物馆以云南地产中药资源和民族医药资源为馆藏特色，旨在弘扬中医药和民族医药文化，展示中医药的系统科学性和民族医药的独创性。

云南省中医药民族医药博物馆在云南中医学院校园内，共有12个展馆。

其中，《神农本草经》是中国现存最早的药物学专著，1985年云南中医学院就建设该馆，并按上品、中品、下品的分类进行展示了365种药材，同时展示了相关的古籍文献和古代炮制药物的工具等，是我国最早建立的《神农本草经》专题馆；民族医药展馆收集涉及25个民族医药的文物、实物600余件，收集云南民族药产品200余种；云南民族药标准药材标本馆及腊叶标本馆收集云南民族药标本2104种，1万余份药材标本、腊叶标本和浸制标本等。

云南省中医药民族医药博物馆展区部分共3层，每层4个展室：第一层，院史展室2个、中医西传展室1个、中医药文化展室1个；第二层为民族医药展室，分为云南民族医药文化、云南民族医药诊治特色、云南民族药开发成果和云南民族药标本展室各1个；第三层为中药标本展室，分为《滇南本草》、《神农本草经》、云南特色药物、传统药材等标本展室各1个。